А почему города называют по рек имени?

 .Спасибо  за вопрос Тема очень интересная!Не только. Суздаль. Древняя форма названия – Суждаль, встречается написание Соуждаль. Название происходит от слова старославянского слова «зижать», то есть строить. 
Нижний Новгород.основан в1221 году князем Георгием Всеволодовичем у места слияния двух великих рек Волга и Ока как опорный пункт обороны границ Владимирского княжества от мокшан, эрзян, марийцев и волжских булгар. Городок был назван Новгород Низо́вской земли (Низовской землёй Владимирское княжество называли новгородцы) — позже это название трансформировалось в Нижний Новгород.
В 1932 году город получил имя Горький в честь писателя Максима Горького (Алексея Максимовича Пешкова)
В 1990 году город вновь стал именоваться Нижним Новгородом.
Воронеж.Город, появление которого связано с организацией защиты территорий Руси от степных кочевников. В архиве хранится распоряжение боярина Никиты Романовича Юрьева от 1 марта 1586 года о реорганизации сторожевой службы на южной окраине Московского государства, в котором написано: «По государеву царёву и великого князя Фёдора Ивановича всея Руси указу и по приговору бояр князя Фёдора Ивановича Мстиславского с товарищи на Сосне, не доезжая Оскола два днища, поставить велено город Ливны, а на Дону на Воронеже, не доезжая Богатово затону два днища, велено поставить Воронеж…». Тем не менее, запись в Разрядном приказе от 1585 года«об отписке рязанских бортных ухожьев и рыбных ловель новому городу Воронежу» доказывает, что Воронеж уже существовал в 1585 году. Тем не менее официально годом основания Воронежа считается 1586 год. По одной из наиболее вероятных версий название «Воро́неж» произошло от притяжательного прилагательного «Вороне́ж» древнеславянского имени «Вороне́г». В дальнейшем название «Вороне́ж» перестало быть связанным с именем, а ударение переместилось на второй слог. Воро́нежем стали называть место, а затем и реку. Построенный на ней город стал называться Воронеж

Чтоб не путаться в названиях.